A l'origine, Long Island s'appelait  Yuma, un nom donné par les Indiens Lucayas.

Puis elle fut rebaptisée Fernandina par Christophe Colomb, qui y effectua son troisième débarquement dans sa découverte du Nouveau Monde.

En 1790, les Loyalistes en provenance de la Caroline, et leurs esclaves, colonisèrent Fernandina. Ils y édifièrent de grandes plantations et produisirent du coton, jusqu'à l'abolition de l'esclavage.

Aujourd'hui, de nombreuses demeures de Loyalistes rappellent le passé de l'île. Les plantations ont beau être improductives, l'agriculture reste une activité importante sur l'île. La culture dans des grottes, qui consiste à remplir les trous de calcaires de terre fertile, fournit la nourriture pour les autres îles, dont les pois, le maïs, les ananas et les bananes.

L'élevage de moutons, de chèvres et de cochons se pratique aussi beaucoup sur l'île.